[1] .NET FrameworkとIISのインストール順不同等の理由で、WebResource.axdが生成されず、maintainScrollPosition等のJavaScript functionがCallできないことがあります。その場合は、.NET Frameworkの"修復"インストールで不具合解消するようです。シングルサーバ構成で上記の状態になる場合に、これに該当するみたい。
[2] シングルサーバ構成だと正常に動作するが、複数台のWebサーバをロードバランシングした途端に、WebResource.axdのJavaScript Object(Sys等)がnullになってしまう場合は、Web.Configの<machineKey>の設定が必要なようです。ここに記載されているのと同じ状況に私も陥りました。ここに記載されているmachineKeyの構成方法で正常に動作するようになりました。